Щорічно Радою з питань співробітництва між Україною та ЄС, з урахуванням стану виконання пріоритетів, визначених на попередньому засіданні, схвалюються пріоритетні напрямки двостороннього співробітництва в рамках імплементації Угоди про партнерство та співробітництво між Україною та ЄС на наступний період. На Шостому засіданні Ради з питань співробітництва між Україною та ЄС (18 березня 2003 р., м. Брюссель) Сторони визначили 7 пріоритетних напрямків імплементації Угоди про партнерство та співробітництво між Україною та ЄС:
Енергетика. Цей напрямок охоплюватиме реформу енергетичного сектору, включаючи приватизацію енергогенеруючого та розподільчого сектору та реформу вугільного сектору, продовження співробітництва у сфері відновлювальної енергетики та енергоефективності; інфраструктура транспортування енергоресурсів, особливо транзит газу; ядерна безпека і пов’язані з цим питання, включаючи закриття ЧАЕС та допомогу ЄС та країн Великої сімки у цьому секторі.
Торгівля та інвестиції. Сторони концентруватимуть роботу на заходах, метою яких є прискорення переговорного процесу щодо вступу України у СОТ, включаючи прийняття та впровадження міжнародних стандартів і технічного регулювання, посилення захисту прав інтелектуальної власності відповідно до правил УПС та СОТ. Маючи на увазі зазначене та з метою сприяння загальному інвестиційному клімату, сторони продовжуватимуть докладати зусиль задля вирішення проблемних питань у торгівлі та у сфері інвестицій.
Юстиція і внутрішні справи. Співробітництво концентруватиметься на впровадженні Плану дій ЄС, прийнятого Радою та затвердженого Україною. Це включатиме підготовку схеми, впровадження моніторингу, оцінки та визначення щорічних пріоритетних напрямків. Пріоритетними напрямками діяльності у сфері юстиції та внутрішніх справ є переговори щодо угоди про реадмісію, посилення менеджменту кордонів, включаючи розвиток прикордонної інфраструктури, питання міграції, судової реформи, верховенства права, боротьби з організованою злочинністю у всіх її формах, а також боротьби з тероризмом. Сторони також обговорюватимуть проблеми розширення ЄС, включаючи питання віз.
Наближення законодавства України до норм і стандартів ЄС є ключовою метою і буде відображеною у технічній допомозі ЄС.
Охорона навколишнього середовища. На додаток до співробітництва у сфері ядерної безпеки сторони мають намір концентрувати роботу насамперед на впровадженні Кіотського протоколу. Співробітництво також включатиме проблеми, пов’язані з погіршенням екологічної ситуації на Дунаї та на Чорному морі, у тому числі очищення стічних вод.
Співробітництво у транспортній сфері включатиме подальшу інтеграцію української транспортної інфраструктури, зокрема портів, до європейської транспортної мережі в рамках пан’європейських транспортних коридорів, Чорноморського Пан’європейського транспортного простору ПЕТРА та ТРАСЕКА.
З метою належного вирішення всіх питань у пріоритетних сферах співробітництва та з огляду на розширення ЄС особлива важливість надаватиметься посиленню регіонального та транскордонного співробітництва.